A VARIG operou quatro unidades da versão Boeing 737-400 entre 2000 e 2002 e entre 2004 e 2006. O Boeing 737-400 é uma versão alongada do Boeing 737-300, capaz de transportar mais passageiros e carga. Na VARIG ele complementou o Boeing 737-300 nas rotas domésticas de maior demanda. As quatro primeiras unidades (PP-VQQ, PP-VQR, PP-VQS e PP-TEO) foram recebidas em junho de 2000 e todas antes operavam na Transbrasil. Porém a crise financeira fez com que a VARIG retirasse as quatro unidades de operação em 2002 e as devolvesse para o lessor.

Como forma de suprir o não recebimento de mais unidades do Boeing 737-800, a VARIG adquiriu mais quatro unidades do Boeing 737-400 em 2004. O PP-VTM chegou em maio e o PP-VTN e PP-VTO chegaram em junho, todos antes operavam na Asiana Airlines. O PP-VTL chegou em agosto e antes operava na Futura International. Essas quatro unidades permaneceram na frota até o fim das atividades da VARIG, em junho de 2006.